Poza funduszami unijnymi istnieją różne instrumenty finansowe właściwe dla działań w poszczególnych sektorach - tradycyjne źródła: pożyczki, kredyty, dotacje i subsydia oraz bardziej złożone modele finansowe, określane jako partnerstwo publiczno- prywatne (PPP). Termin ten obejmuje fundusze obrotowe, kontrakty energetyczne oraz leasing i forfaiting.
Referat Organizacyjny i Mechanizmów Finansowania Inwestycji zajmuje się prowadzeniem obsługi sekretarskiej oraz administracyjno - biurowej Biura Funduszy Europejskich, w tym zagadnieniami budżetowymi oraz prowadzeniem akcji promocyjnych dotyczących projektów realizowanych w Gminie Miejskiej Kraków ze środków europejskich. Ponadto do zadań referatu należy rozpoznawanie potrzeb i możliwości realizacji przedsięwzięć Gminy Miejskiej Kraków w ramach szeroko rozumianego partnerstwa publiczno – prywatnego.
